THE HARD PROBLEM fortæller historien om den unge forsker, Hilary, der kæmper med at besvare videnskabens store spørgsmål, mens hun selv gemmer på en stor sorg. På hendes arbejdsplads, Krohl Instituttet for Hjerneforskning, arbejder hun på at løse, hvad man inden for videnskaben kalder ’det psykofysiske problem’ (eller THE HARD PROBLEM); hvis der ikke eksisterer andet end materie, hvordan kan der så være bevidsthed? Men Hilary begynder at sætte spørgsmålstegn ved videnskabens fundamentale overbevisninger, hvilket fører til en konfrontation i hendes omgangskreds.