På tværs af tid og rum følger vi to rejser. I 1492 bliver nogle landsbytosser forvist fra Basel og bliver sendt væk i en båd på Rhinen. Den anden rejse foregår i nutiden og handler om otte arbejdsløse australiere, der bliver sendt ud i ørkenen for at arbejde som et led i aktiveringen. Ship of Fools undersøger samfundets behandling af sine borgere og afslører, at få ting har ændret har ændret sig igennem tiden.
